De bilaterale relaties tussen Vlaanderen en Litouwen bestonden reeds in de middeleeuwen met de handelscontacten tussen beide in het Hanzeverbond. Meer recent werd in 1996 een samenwerkingsovereenkomst ondertekend dat betrekking heeft alle domeinen waarvoor Vlaanderen bevoegd is, en wordt driejaarlijks geconcretiseerd door middel van een werkprogramma. In 2016 werd de twintigste verjaardag van dit verdrag gevierd met tal van culturele, academische en economische evenementen en bracht minister-president Geert Bourgeois een bezoek aan Vilnius. Hij opende toen ook een kantoor van Flanders Investment & Trade. Litouwen was ook een belangrijke begunstigde van het Vlaamse Samenwerkingsprogramma Centraal- en Oost-Europa, waarbij Vlaamse en Litouwse partners vanuit allerhande disciplines projecten uitvoerden.
Sinds 1992 is Centraal- en Oost-Europa een prioritaire partnerregio binnen het Vlaamse buitenlands beleid van alle opeenvolgende Vlaamse Regeringen. Er werden zeer hechte en diepgaande verbanden tot stand gebracht door middel van verdragen, projecten, uitwisselingen, samenwerkingsprogramma’s, … Mede om de opgebouwde netwerken en contacten met de Baltische Staten, de erkenning en het vertrouwen blijvend te valoriseren, werd door minister Bourgeois beslist om Estland, Letland en Litouwen toe te voegen aan het ambtsgebied van de in oktober 2007 geopende Vlaamse Vertegenwoordiging in Warschau.
- Gemeenschappelijke intentieverklaring tussen Litouwen en Vlaanderen
- Gemeenschappelijke intentieverklaring tussen Vlaanderen en de Republiek Litouwen
- Intentieverklaring tussen het departement van infrastructuur van het Vlaams Gewest en het ministerie van verkeer van de Republiek Litouwen
- Overeenkomst betreffende de deelname van Tsjechië, Estland, Cyprus, Hongarije, Letland, Litouwen, Malta, Polen, Slovenië en Slowakije aan de Europese Economische Ruimte
- Verdrag betreffende de toetreding van Tsjechië, Estland, Cyprus, Letland, Litouwen, Hongarije, Malta, Polen, Slovenië en Slowakije tot de Europese Unie